I Kartmysteriet starter det hele med en varmluftsballong og de tre vennene Oliver, Mya og Jorge på tur. Alt er fint og flott, inntil de plutselig kræsjlander på en ukjent øy; befolket av utrydningstruede dyr og en horde rasende vikinger.
Velkommen til Poptropica; en øygruppe ukjent for resten av verden. Når de tre vennene legger ut på en farefull ferd for å finne veien hjem, oppdager de den sjokkerende grunnen til at de havnet akkurat der –noe fryktelig som truer Poptropicas eksistens og dermed også deres mulighet til noen gang å komme seg vekk fra øya.
